Les événements de XCOM : Chimera Squad se déroulent cinq ans après ceux des précédents XCOM. L'humanité a réussi à renverser le contrôle de l'Ancien sur la terre. Avec le départ de l’ADVENT et les envahisseurs libérés du contrôle mental de l'Ancien, les humains, les hybrides et les extraterrestres œuvrent tous ensemble pour bâtir une civilisation de coopération et de coexistence. Cité 31, une ville incarnant les idéaux pacifiques d'un monde ayant survécu à une invasion, s'oppose à de mystérieux groupes dont les projets menacent de briser cette délicate alliance.