Alors que le monde avait sombré dans les ténèbres, la Déesse de Mana dégaina l'épée de Mana pour anéantir les huit bénévodons, des monstres de destruction. Elle scella ces horreurs dans les huit pierres de Mana, empêchant ainsi le royaume de sombrer dans le néant. Affaiblie par la reconstruction du monde, la Déesse prit la forme d'un arbre et tomba en un long et profond sommeil. Mais les forces du mal cherchèrent vite à libérer les bénévodons afin de prendre le contrôle du monde. Elles se lancèrent dans une terrible guerre pour atteindre leur but et déstabiliser les royaumes. La paix n'était plus qu'un souvenir. Le Mana commença à disparaître, et l'Arbre de Mana se mit à dépérir…