Nouveau-Mexique, 1945. Une explosion atomique expérimentale a lieu, rasant un village et libérant une mystérieuse créature que l'on voit furtivement s'envoler. Calcutta, 1996. Lara Croft, après avoir mené une précédente expédition à bien, retrouve une vieille connaissance, Larson, qui lui fait prendre contact avec Jacqueline Natla. Cette dernière est la présidente de Natla Technologies, une entreprise majeure dans l'électronique. Natla voudrait convaincre Lara de partir à la recherche d'un artefact particulier pour elle : le Scion de l'Atlantide, une relique que mademoiselle Croft avait tenté de trouver avec son père. Une recherche qui n'avait pas abouti, du fait que le duo père-fille n'avait pas pu localiser la célèbre cité de Vilcabamba. Natla indique alors l'emplacement de cette cité, se situant au Pérou, à la suite de quoi Lara n'hésite pas à se lancer dans l'aventure.