En avril 2004, le président de la Géorgie est assassiné, permettant au milliardaire géorgien Kombayn Nikoladze de s'approprier le pouvoir via un coup d'état pacifique. En août, l'ex-agent de l'U.S. Navy SEAL et vétéran de la guerre du golfe Sam Fisher est recruté par la NSA pour travailler au sein d' Echelon 3, organisation d'espionnage récemment constituée. Son nouveau supérieur et vieil ami Irving Lambert le présente à l'experte en informatique "Grim" Anna Grimsdottir ainsi qu'au responsable du transport Vernon Wilkes Jr. En octobre, Fisher est envoyé à T'bilissi pour enquêter sur la disparition de deux agents de la CIA. Il doit d'abord rencontrer un informateur, Thomas Gurgenidze, seulement lorsqu'il le trouve, il meurt dans l'incendie d'un immeuble. Celui-ci a juste le temps de lui dire que les transmissions de l'un des agents pourraient déclencher une guerre.