En 2006, les États-Unis installent une base temporaire dans le Timor Oriental pour entraîner le développement d'une force de défense pour la « plus jeune démocratie du monde ». En Asie du Sud-Est, la résistance à la présence militaire américaine est vive et importante, mais la menace indonésienne qui pèse sur la démocratie Timorienne est jugée suffisante à l'occupation. La haine anti-américaine se développe et le chef des guerilleros, Suhadi Sadono, agissant avec le support officieux de l'état-major corrompu de l'Indonésie, en prend la tête. Les hommes de Sadono attaquent et occupent l'ambassade américaine de Dili, Timor Oriental, prenant en otage plusieurs dizaines de militaires et de civils. Sam Fisher doit défendre et assister l'armée américaine, à la fois localement et à distance, jusqu'au renversement du système de Sadono.