Le jeu se déroule en 2008, Sam Fisher est rappelé d'urgence par Echelon 3 pour une mission en Islande : une centrale géothermique serait infiltrée par des terroristes et la NSA a besoin de renseignements. Il a à peine le temps de laisser un mail à sa fille Sarah pour lui signaler qu'il s'en va. Arrivé en Islande, Sam doit infiltrer la centrale, avec l'aide d'un coéquipier, un « bleu » au tempérament fonceur (qui meurt). L'occasion pour lui de le former avec cette « mission de routine ». La mission terminée, Lambert lui apprend une terrible nouvelle : sa fille est morte, visiblement renversée par un chauffard.