Sur une petite île au beau milieu de la Grande Mer, un jeune homme se réveille le jour de son anniversaire sans avoir aucune idée de l'aventure qui l'attend. Quand la sœur de Link est enlevée et menée dans la Forteresse Maudite, il part à sa poursuite - accompagné de la pirate Tetra et son équipage. Pour secourir sa chère Arielle, Link se jette à l'eau, où il fera la rencontre du Lion Rouge, un sage bateau évoquant les légendaires Perles des Déesses. Ensemble, ils vont parcourir la Grande Mer dans cette quête primordiale pour sauver le monde de l'obscurité.