Le scénario est le même que dans le jeu original, les différences se font uniquement en termes de conception de niveau. Les grosses différences se situent au niveau des donjons, qui gardent la même architecture, mais dont les énigmes présentes dans chaque salle ont été fortement remaniées et corsées. Ainsi, le parcours du joueur est différent (ce qui entraine l'obtention des objets clé dans un ordre différent). En outre, les ennemis normaux (en dehors des mini-boss, et des boss) se voient eux aussi changer de place au sein de ces donjons, et on peut voir apparaitre certains monstres qui n'étaient pas dans les donjons originaux (par exemple des Puddings et même des vaches dans le ventre de Jabu-Jabu).