Super Mario Bros. 3 se situe après les événements des trois jeux précédents de la série. Mario et Luigi s'embarquent dans une mission sous le nom de la Princesse Peach pour arrêter Bowser et ses sbires, les Koopalings, qui terrorisent les sept régions du Royaume Champignon. Les Koopalings transforment les souverains en animaux après avoir volé leurs sceptres magiques. Chaque région sert de monde divisé en niveaux, et une huitième région, le Pays Obscur, est le monde final. Chacun des huit mondes est caractérisé par un thème visuel distinct ; par exemple, le deuxième monde, le Pays du Désert, contient des niveaux couverts de sable avec des pyramides, alors que les niveaux du quatrième monde, le Pays des Géants, sont peuplés d'obstacles et d'ennemis quatre fois plus grands que ceux des autres mondes