Le jeu s'ouvre sur la bataille de Géonosis opposant l'armée de la République à la Confédération des Systèmes Indépendants, et se poursuit sur plusieurs batailles opposant ces deux factions. Le joueur incarne tour à tour Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi et Mace Windu, qui doivent empêcher le Comte Dooku de s'emparer d'une antique arme de guerre Sith. Pour cela, ils disposent de nombreux véhicules, tels que la Canonnière de la République, une moto-jet ou encore un Maru.