Vous incarnez Travis Grady, un routier perturbé par des cauchemars récurrents. Au cours d'une livraison, il passe près de Silent Hill et doit s'arrêter en voyant une fillette de sept ans au milieu de la route. Il prend la décision de descendre et de la poursuivre. Au bout de la route, il trouvera une maison en flammes et y entrera pour sauver une enfant, presque complètement brûlée. Dans les premières minutes du jeu, Travis décide de se rendre à l'hôpital pour savoir ce qu'il est advenu de l'enfant. Pendant son parcours, il va se retrouver confronté à des manifestations des traumatismes de son enfance.