Le joueur prend le contrôle d'Alex dans un cauchemar centré sur son frère cadet Josh. Il se réveille ensuite dans la cabine d'un camion conduit par Travis Grady, le protagoniste de Silent Hill: Origins, qui l'emmène dans sa ville natale, Shepherd's Glen. La ville, qui tire son nom d'un ancêtre lointain d'Alex qui a contribué à sa fondation, baigne dans le brouillard et est désertée par ses habitants. Chez lui, Alex découvre sa mère dans un état catatonique, qui murmure que son père est parti à la recherche de Joshua, son frère cadet qui a disparu. Il promet à sa mère de retrouver Joshua, et s'en va.