Trois mois après s'être échappée de Raccoon City avec Leon, Claire est partie jeter un œil dans le laboratoire parisien d'Umbrella toujours à la recherche de son frère Chris. Elle sera capturée par un homme, Rodrigo Juan Raval, pour être envoyée sur l'île pénitentiaire d'Umbrella. Elle se réveille dans une cellule et aperçoit un homme amoché qui s'approche. Elle reconnait son agresseur. Il lui ouvre la porte, lui dit qu'elle peut partir, que la prison n'existe plus et qu'une sorte de commando a balayé ses troupes. Il lui précise aussi qu'elle n'a aucune chance de quitter l'île. Elle va vite se rendre compte que le Virus T s'est, une fois de plus, répandu. La prison et tout le reste de l'île sont infestés de Zombies et autres monstres.