L'étau se resserre sur la « Mother Base », QG militaire de l'armée de mercenaires créée par Big Boss/(Naked) Snake ; en effet, la visite d'inspection de l'ONU et de l'AIEA est proche, et Snake a reçu un appel à l'aide de Chico, un adolescent qui avait disparu de la base depuis quelque temps. Il était parti à la recherche de Paz Ortega Andrade, une espionne envoyée l'année précédente par le groupuscule Cipher durant l'incident Peace Walker. L'adolescent indique qu'il est retenu prisonnier dans un camp militaire secret sur l'île de Cuba, en compagnie de Paz.Cette dernière connaît l'existence du Metal Gear Zeke, un char d’assaut blindé bipède hautement technologique et doté d'un arsenal nucléaire. C'est un piège mais Big Boss n'a pas d'autres choix, il doit la délivrer au plus vite pour éviter qu'elle ne parle trop mais aussi parce qu'elle est la seule qui puisse donner des informations sur cette étrange organisation nommée Cipher.