L'agent 47 est envoyé par l'agence afin d'éliminer Diana dans sa villa (qui était son contact à l'agence dans les précédents opus). En pleine agonie, cette dernière lui demande de prendre soin de Victoria sur qui l'agence fait des expériences.47 rompt tout contact avec l'agence et se retrouve maintenant traqué et livré à lui-même tout en protégeant Victoria.