Halo 2 démarre avec le procès d'un commandant Élite dans la capitale mobile des Covenants Grande Bonté. L’Élite est déchu de son rang, accusé d'être un incapable pour n'avoir pas réussi à empêcher les humains de détruire Halo. Il est torturé par Tartarus, le chef des Brutes. Sur Terre, le Major et le sergent Avery Johnson sont récompensés pour leurs actions sur Halo par Terrence Hood, la commandante Miranda Keyes accepte quant à elle une médaille au nom de son père décédé sur l'anneau, le capitaine Jacob Keyes.