Neuf mois après les événements des deux premiers jeux, Point Man est capturé par le personnel d'Armacham Security et interrogé dans un asile. Paxton Fettel interrompt l'interrogatoire et libère Point Man. Les deux forment une alliance précaire et s'échappent de l'asile à travers les bidonvilles. Réquisitionnant un hélicoptère, Point Man et Fettel retournent à Fairport pour rejoindre le chef des opérations de la FEAR, Jin Sun-Kwon. À leur retour, la population civile qui a survécu a soit été rendue folle par l'activité paranormale des lieux, ou bien a été exécutée par le personnel d'Armacham. Après avoir lutté tout le chemin, les frères retrouvent avec succès Jin. Cette dernière leur diffuse une séquence vidéo enregistrée de Michael Becket, qui révèle son viol par Alma et la naissance imminente de son enfant.