Far Cry 6 se déroule sur l'île fictive des Caraïbes de Yara, inspirée de Cuba, qui est décrite comme « la plus grande carte de la série » qui consiste en « un paradis tropical figé dans le temps ». Elle est dirigée par Anton Castillo (Giancarlo Esposito), un dictateur ayant le plein contrôle de l'île, qui invite son fils Diego (Anthony Gonzalez), incertain de son propre avenir, à suivre ses traces. Le personnage d'Anton est décrit comme un leader « essayant de faire comprendre au peuple qu'il a besoin d'un dirigeant fort », mais doit faire face aux révoltes de la population peu compréhensive. Il« essaie de donner à son fils la possibilité d'embrasser les idées qui lui permettront de diriger l'île ». Le joueur joue le rôle de Dani Rojas (homme ou femme), un soldat luttant pour la liberté qui tente de ramener la nation à la gloire et de résister face au pouvoir en place, principalement en menant des actions de guérilla.