2027, dans une période où les multinationales gagnent en puissance, bien au-delà du contrôle des gouvernements. vous incarnez Adam Jensen, chef de la sécurité chez Sarif Industries, qui après une attaque brutale par des terroristes sur le quartier général de la multinationale, se retrouve mortellement blessé et forcé de subir une intervention chirurgicale remplaçant de nombreuses parties de son corps par des prothèses avancées et des augmentations mécaniques. Jensen est alors impliqué dans la politique mondiale des augmentations humaines, à la recherche des personnes responsables de l'attentat.