L’avenir du monde est entre vos mains. Des ennemis anciens et nouveaux menacent la paix que vous avez établie 24 ans plus tôt. Ce ne sera pas simple, mais votre nanocombinaison vous aidera à atteindre la victoire. Éliminez l'ennemi en toute discrétion ou utilisez la force brute pour l'anéantir. Il n'y a pas de mauvaise façon de sauver le monde. Après les évènements de Crysis 2, Psycho et Prophet ont parcouru le monde à la recherche de l'Alpha Ceph, le leader ultime de la force d'invasion Cephs. Cependant, profitant du fait qu'ils étaient concentrés sur cet objectif, l'organisation CELL Corporation les a étudié et s'est assuré la domination mondiale des terres et de la technologie. Elle désactiva Prophet et captura tous les soldats ayant une Nanosuit pour récupérer les codes génétiques Ceph contenus dans celle-ci. Pour ce faire, CELL a utilisé la technologie Ceph pour générer une énergie illimitée et a gagné un monopole sur l'alimentation énergétique dans le monde. Ceux qui ne pouvaient pas payer pour l'énergie furent réduits en esclavage.