Le monde a été dévasté par une série de catastrophes climatiques et la société est sur le point de s'effondrer. Les extraterrestres sont de retour avec une armée afin d'éliminer totalement l'humanité et d'envahir la planète Un supersoldat équipé de la nanocombinaison 2 représente le dernier espoir pour sauver l'humanité. Remarque : Le multijoueur de Crysis 2 a été clos. Le joueur incarne Alcatraz, un Marine envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin dans le but d'extraire le scientifique Nathan Gould de la ville. Mais à l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Sauvé d'une mort certaine par l'intervention de Prophet, Alcatraz se voit remettre une nanocombinaison et la charge de retrouver et d'évacuer Nathan Gould.